Algunas herramientas de uso libre para la gestión de proyectos, o para la coordinación de equipos de trabajo que merece la pena conocer:

Gantt PV
Gantt PV es un programa gratuito, de apariencia sencilla y sin grandes complicaciones, para planificación de proyectos, descomposición, representación y seguimiento de tareas sobre diagrama de Gantt.
Descargas disponibles para Windows, MacOS y Linux.

GanttProject
Es una aplicaciónd e escritorio con interfaz similar a MS. Project permite programar y organizar las tareas y asignación de personas y recursos sobre una representación Gantt.
Por supuesto es una herramienta mucho más ligera que MS Project, pero esto en el ámbito y dimensión de muchos proyectos es más una ventaja que un inconveniente.
La exportación de informes en formato HTML está bastante lograda.
Necesita Java Runtime Environment.
Para hacerse una idea se puede echar un vistazo a esta demo.

Dotproject
Algo más veterana esta solución en entorno web ofrece un marco completo para la planificación, gestión y seguimiento de multiples proyectos para clientes diferentes, quienes pueden disponer también de acceso para monitorizar la evolución del desarrollo.
Se puede ver una demo online aquí. Acceso de administrador: usuario: admin, password: admin. Acceso de invitato: usuario: gest, password: guest.

TeamWork
Impresionante es la apariencia de esta herramienta de entorno web para registrar y gestionar los tiempos de diferentes equipos de trabajo en sus respectivos proyectos. Gestión completa de informes de tiempos y costes.
Combina gestión de documentos, de equipos y de proyectos.
Merece la pena ver algunas pantallas.

Planner
Aplicación de escritorio para gestión y seguimiento de proyectos, con descomposición en tareas y sub-tareas, dependiencias, identificación de la ruta crítica, diagramas de Gantt.
Inicialmente desarrollada para Linux, dispone de versión (beta) para Windows.

Hola Excel para Scrum
hoja de cálculo para gestionar el trabajo en cada sprint: tareas, asignación, estado y tiempos. Genera de forma automática los gráficos para el seguimiento de esfuerzo y tareas.

AgileTrack
Herramienta para planificación y seguimiento de proyectos, de interfaz sencillo. Para desarrollo de software en equipos reducidos con metodologías ágiles, especialmente eXtreme Programming.

PPTS
Project Planning and Tracking System (PPTS) es una herramienta de gestión ágil de proyectos para equipos que trabajan con Scrum y/o Extreme Programming. Es un sistema web, accesible con un navegador que puede instalarse sobre servidor Linux o Windows (con php y MySQL) y de uso libre, con licencia GNU (GPL).

XPWeb
Plataforma web para gestión de proyectos con Extreme Programming

trac
Plataforma web para comunicación, gestión y seguimiento de proyectos, que integra un wiki, interfaz de subversión para la gestión de versiones, seguimiento de proyecto y sistema de tickets para gestionar y registrar tareas, bugs, etc.

TUTOS
Herramienta web de código abierto y uso gratuito para la gestión de pequeños grupos de trabajo o departamentos. Incluye calendario, gestión de equipos, directorio de personas, gestión de incidencias, registros de tiempo, listas de seguimiento...

Solodox
Servicio de software que permite editar y compartir con el equipo  y demás interesados planificaciones Gantt.

ToDoList
ToDoList es una herramienta gratuita muy simple y efectiva para la gestión de proyectos en entornos ágiles. Escasamente ocupa 1 Mb, y al instalarla se puede indicar que emplee un fichero .ini para guardar la información de configuración,  de forma que no toca para nada el registro de Windows y se puede llevar incluso en una memoria USB.

Clocking IT
Es un gestor de proyectos y tareas, con  control de tiempos, generador de informes, repositorio de ficheros, agenda, chat, notificaciones y RS.