En algunos entornos de producción se necesitan operarios, y en otros artífices.
En los primeros no me atrevo a apuntar sugerencias, mi experiencia es limitada e intuyo que no hay una solución buena. Si se plantea una retribución homogénea para todos, los más trabajadores o capacitados se sentirán injustamente tratados.
Si se plantea una retribución individualizada, pueden pasar dos cosas: que el sistema no mida bien, porque ¡tela! medir los desempeños, y por tanto también genere injusticias; o que el sistema sea perfecto (¡uff!); pero igual daría. La percepción de los trabajadores será también de injusticia. Los que cobran menos no van a admitir (ni sinceramente creerse) que es porque lo han hecho peor. Sin duda es porque los otros son unos enchufados, o tienen mejores zonas de venta, o mejores proyectos, o ...

En el ámbito de desarrollo basado en "artífices", por mi experiencia, una solución es trabajar en una cultura, en un ecosistema en el que la retribución no tiene el papel de principal motivador. Establecer una retribución con un nivel, no sólo higiénicamente aceptable, sino superior a la media, y homogéneo para todos.
Sé que no es una solución fácil; y posiblemente sea utópico, porque es muy difícil encontrar profesionales con motivación intrínseca por su trabajo.
Es la idea de fondo de los posts "Cómo motivar a los programadores " y "El mito de las evaluaciones de desempeño ".
Como apunto en el post de Julén, en mi experiencia los mejores programadores con los que he trabajado no planteaban ningún problema con la retribución. No se motivaban o desmotivaban por cobrar más o menos que el otro. Se motivaban por tener monitores de 19", libros para consultar, las últimas herramientas, ordenadores para pruebas, mesas amplias de trabajo, etc; y curiosamente los que más pinchaban con que si el sueldo y el desempeño, no eran precisamente los mejores (por lo menos en mi apreciación).

Lo difícil o utópico de esta solución es que estamos hablando de personas con un componente de motivación intrínseca por la tarea muy alto, y son una "rara avis"; por eso las medidas en esta línea tienen que empezar desde la selección de personal, considerando que esa es la tarea más importante de la empresa.